I. K novým mutacím:

Nejsem imunolog ani virolog, tak se na věc dívám z trochu abstraktního pohledu.

Takhle mi občas přijde užitečné se na vir dívat jako na optimalizační proces, nebo přímo výpočet. Vir je vlastně kus informace, nějaká sekvence bitů (technicky bazí), dlouhé číslo. Evoluční “výpočet” neustále hledá sekvence, které, vyhodnoceny nějakou velmi komplexní vyhodnocovací funkcí, dopadnou nejlépe. Úpravy přitom probíhají docela jednoduše, náhodně, metodou pokus-omyl. (Naopak ta vyhodnocovací funkce je extrémně složitá a zahrnuje vlastně celý zbytek světa.)

I když vir sám nemá nějakou motivaci, cíle, plány nebo inteligenci, ten evoluční výpočet běží momentálně s dost velkou výpočetní silou. Řada věcí od evoluce po machine learning nám názorně ukazuje, že výpočetní procesy založené na velmi jednoduchých základech se dokáží chovat docela “chytře” a vyřešit i složité problémy, když jim dáte dost výkonu.

Lidské uvažování o silných optimalizačních procesech má zajímavou vlastnost, že se nám o nich často lépe přemýšlí jako o agentech, kteří něco chtějí. (Přesněji to Daniel Dennett nazývá “intencionálním postojem”, doporučuju si najít víc).

Když se na situaci podíváme takto “agentně”, a představíte si, že jste virus, a vaším cílem je víc se kopírovat, co jsou nějaké nové zdroje, lákavé možnosti, co objevit?

Myslím, že na vygenerování seznamu možností, o které se hodně “snažit”, stačí kratší zamyšlení.

Zaprvé je samozřejmě vždy lepší se rychleji šířit mezi lidmi. To obsahuje řadu detailů - pokud lidé třeba omezí kontakt některých skupin, a neomezí kontakt jiných skupin, je užitečné umět se šířit lépe mezi skupinami, které kontakt omezily méně.

Dál je zajímavé najít si jiné druhy, to je celé obří nové territorium.

Dál je potřeba si všimnout, že “virus” naráží i na několik adaptivních nepřátelských procesů,  a tím hlavním je  “imunitní systém”. V situaci, kdy začne být dost velká část populace “promořena” a vybavena protilátkami, je ohromně výhodné najít takové modifikace, které protilátky rozpoznají špatně, nebo vůbec. Což platí i pro protilátky vyvolané nákazou, ale i vakcínou. Podobně je užitečné objevit jakoukoliv možnost, jak imunitní systém nějak oklamat.

Objevit všechny zmíněné možnosti je pro vir velmi výhodné. Takže hlavní otázky jsou jak “daleko“ v prostoru sekvencí tyhle možnosti jsou, a zda evoluční proces viru má takříkajíc “dost výkonu” aby “uhodl patřičná hesla”  hrubou silou.

“Hardware”, na kterém ten výpočet běží, jsou pochopitelně nakažení lidé. Průšvih je, že těch za poslední řadu měsíců bylo hodně.

Velký počet nakažených proto nemá jen ten přímý špatný důsledek, že je více lidí nemocných, a více lidí zemře, ale i nepřímý špatný důsledek, že virus má více pokusů “uhodnout hesla”.

Podle preprintů a už i recenzovaných článků se zdá, že SARS-CoV-2 se několik takových “hesel” uhodnout podařilo, některé asi dokonce opakovaně. Není důvod si myslet že nepřijdou další.

II. Britská mutace

V ČR je teď nejdůležitější mutace “britská” - B.1.1.7 - která podle všeho výrazně zvyšuje reprodukční číslo. Různé modely ukazují někdy přírůstek jako multiplikativní, jindy jako aditivní faktor. Osobně zatím jako hrubý odhad v modelech používám multiplikativní nárůst o 50%. To si lze ilustrativně představit tak, že až nová mutace převládne, za opatření úrovně “PES 5” by se mohla epidemie šířit i tak rychle, jako počátkem října 2020.

Pro EpidemicForecsting.org napsal Tomáš Gavenčiak už v prosinci model interakce šíření více strainů s různou nakažlivostí, hrubé odhady máme, na část problémů, na které je třeba se připravit, jsme orgány ČR upozorňovali.

Ze základních věcí
- pro přehled o situaci je třeba řádově více sekvenovat. 
- PES nebyl vyvíjený s ohledem na novou mutaci, ani index rizika, ani opatření. Ani úroveň 5 nemusí stačit na to, aby “britskou” verzi brzdila. Je vhodné se zamyslet jak PES 5 upravit tak, aby více brzdil, například tlakem na testování a homeoffice ve firmách. Také by bylo třeba připravit úroveň PES 6.

III. Jihoafrická mutace

Dlouhodobě asii důležitější je mutace “jihoafrická” 501.V2, která se zdá dokáže vyhnout části protilátek, také se lépe šíří, a způsobuje možná těžší průběh i u mladších lidí. Také může snížit účinek vakcín.

IV. Manaus

Další pozoru-hodnou zprávou je nová masivní vlna epidemie v brazilském městě Manaus kde opět nestíhají hřbitovy. Manaus byl přitom jedním z míst kde došlo v první vlně k tzv. “promoření”, po nakažení zhruba třech čtvrtin populace.

Manaus mi mimochodem přišel vždy zajímavý i jako “sanity check” k některým v českých médiích populárním hypotézám několika českých imunologů. Sice imunitní systém je velmi komplexní a naprosto si nemyslím, že bych mu rozuměl, ale pokud třeba někdo v ČR odhaduje, že protilátky IgG si vyvine jen menšina nakažených, a více lidí chrání jiná než protilátková odpověď, tak když v Manausu měla v nějakou chvíli IgG protilátky asi polovina lidí a protilátky si vyvine jen menšina, jednoduchým odhadem by “attack rate” první vlny v Manaus vyšel 100% i víc. (Navíc Manaus má mnohem mladší populaci než ČR, to znamená víc lehkých průběhů)

Zpět k Manaus - jestli za to, že opět nestíhají pohřbívat mrtvé, mohou nové varianty, slábnoucí imunita nebo něco jiného teď není jasné. Z praktického hlediska je to pro mnoho otázek jedno. Více zde

V. Následky u uzdravených

4. května 2020 jsem v příspěvku na fb "Skutečná cena COVID" upozorňoval na to, že skutečná zdravotní cena COVID měřená ve ztracených letech života může být mnohem větší, než jak se zdá jen podle zemřelých. Proč? Představte si, že COVID někoho nezabije, ale “jen” mu poškodí plíce, nebo jiný důležitý orgán. Dotyčný je sice uzdraven z COVIDu, ale bude mít větší šanci zemřít později třeba na necovidový zápal plic, nebo na to, že zatímco před COVID sportoval, po COVID to už moc nezvládne.

Bohužel aktuální preprint z UK v tomhle směru spíš potvrzuje obavy. Rozsáhlá retrospektivní analýza zdravotnických dat ukazuje, že mnoho uzdravených, kteří prošli hospitalizací, má výrazně vyšší rizika různých potíží, a smrti, oproti lidem, kteří před COVIDem měli stejný zdravotní stav. Preprint:

The rate ratio of adverse events (contrasting COVID-19 cases and matched controls) was greater in individuals aged <70 years than ≥70 years for all event types (Figure 3), with the biggest differences in rate ratios being observed for death (14.1 [11.0 to 18.3] for <70 years versus 7.7 [7.1 to 8.3] for ≥70 years)

Tedy pro osoby mladší 70 let se riziko smrti po “úspěšném vyléčení” z COVID, který vyžadoval hospitalizaci zvedlo zhruba 14x. (Pro starší méně)

Zdánlivě optimistická statistika “propuštěných z nemocnice” tak poněkud hořkne - v ČR půjde už teď zhruba o 50 tisíc osob. Pokud budou následky v ČR byť jen zhruba podobné jako v UK, škody na zdraví a životech budou ještě větší, než se zdá z dat o celkové mortalitě.