Co říká mainstreamový výzkum o efektivitě plošných protiepidemických opatření

Fungují, a z dat se dá i odhadovat jak.

V českém mediálním a politickém prostoru se  objevilo nové pozoru-hodné téma, totiž celkové zpochybnění výzkumů efektu protiepidemických opatření, názor že o jejich efektu nic nebo skoro nic nevíme, nejsou k tomu žádná relevantní data, nebo dokonce že odborná literatura vede k pochybnosti zda nějaký efekt vůbec mají.

Přijde mi to v oboru zkreslených prezentací výzkumu veřejnosti smělý počin, protože to bude vyžadovat utajit existenci desítek až možná stovky studií které si kdokoli může najít zadáním vhodných klíčových slov do Google Scholar (například “covid non-pharmaceutical interventions”).

Na výzkumu na tohle téma pracuji a mnoho desítek článků na tohle téma četl, tak bych v rámci úspory času prostě uvedl zhruba deset odkazů na články které mi přijdou reprezentativní nebo vlivné se subjektivními mikro-komentáři, a pár z nich vybraných grafů. Snažil jsem se vybrat spíš to, co již prošlo recenzním řízením. Desítky dalších najdete v referencích posledního odkázaného review.


Flaxman, Seth, et al. "Estimating the effects of non-pharmaceutical interventions on COVID-19 in Europe." Nature 584.7820 (2020): 257-261.

Vlivná brzká studie z ICL na evropských zemích. Teď je to v podstatě “povinná citace” kterou cituje většina výzkumu  na tohle téma, takže když si projdete seznam prací které ji citují, bude obsahovat i většinu současného výzkumu. Ukazuje že NPI fungují.

Lai, Shengjie, et al. "Effect of non-pharmaceutical interventions to contain COVID-19 in China." Nature 585.7825 (2020): 410-413.

Brzká studie z Číny, zaměřuje se dost na omezení cestování.

Chang, Serina, et al. "Mobility network models of COVID-19 explain inequities and inform reopening." Nature 589.7840 (2021): 82-87.

Velmi zajímavý článek který poskytuje detailní vhled do rizika různých komerčních prostředí na základě rozsáhlého datasetu o mobilitě. Poskytuje přehled o místech nejčastější nákazy v této oblasti (viz graf)

Li, You, et al. "The temporal association of introducing and lifting non-pharmaceutical interventions with the time-varying reproduction number (R) of SARS-CoV-2: a modelling study across 131 countries." The Lancet Infectious Diseases 21.2 (2021): 193-202.

Článek který zkoumá časový vývoj R po zavedení a uvolnění omezení na datech ze 131 zemí. Měl bych výhradu k tomu, že některá omezení která zkoumají, např. omezení mezinárodního cestování, se v principu neprojevují jako významná změna R, ale jako významná změna importů - takže neprůkazný výsledek ve vztahu k R neznamená že opatření nefungují. (hlavní graf s výsledky níže)

Haug, Nils, et al. "Ranking the effectiveness of worldwide COVID-19 government interventions." Nature human behaviour 4.12 (2020): 1303-1312.

Pěkný článek od skupiny Petera Klimka z Vídně. Začali na analýze opatření pracovat v podobném čase úplně nezávisle na EpidemicForecasting, také si postavili vlastní dataset. Data zpracovali originální metodou a studují opravdu hodně intervencí, často i věci které nikdo jiný. (graf s hlavními výsledky níže)

Liu, Yang, et al. "The impact of non-pharmaceutical interventions on SARS-CoV-2 transmission across 130 countries and territories." BMC medicine 19.1 (2021): 1-12.

Jedna z několika studií na oxfordském datasetu OxCGRT, tentokrát 130 zemí. Zajímavé je i že jako jedni z mála zkoumali vliv opatření jako finanční podpora v izolaci, a vyšlo jim, že to funguje.

Dehning, Jonas, et al. "Inferring change points in the spread of COVID-19 reveals the effectiveness of interventions." Science 369.6500 (2020).. Science 369

Jiný přístup kdy model naopak nechávají odhadnout kdy došlo ke změně, a následně se lze podívat jestli tou dobou došlo k intervencím. Data z Německa

Manica, Mattia, et al. "Effectiveness of regional restrictions in reducing SARS-CoV-2 transmission during the second wave of COVID-19, Italy." medRxiv (2021). preprint

Čerstvé ověření že intervence samozřejmě pořád fungují, i ve druhé vlně v Itálii. Studií zaměřených na jednu zemi je dost, vzhledem k nedostatku variability v datech se z nich většinou dá jasně ukázat že opatření fungují, ale je těžké odhadnout které z balíku opatření má jaký vliv. Proto studie které se toto snaží rozklíčovat jsou zpravidla mezinárodní.

A tak dále. Jak píšu, těch článků už je asi přes 100 a toto téma už má i různé reviews. Nejčerstvější o kterém vím je

Perra, Nicola. "Non-pharmaceutical interventions during the COVID-19 pandemic: a rapid review." arXiv preprint arXiv:2012.15230 (2020). preprint https://arxiv.org/pdf/2012.15230.pdf

Přečetl jsem jen několik stránek,  ale na první pohled vypadá dobře - zdá se je to praktický zdroj pokud chcete vědět o konkrétním tématu, třeba “gatherings”, stačí prohledat. Také asi vše relevantní je v seznamu literatury.

Ocituji některé části závěru tohoto review, který stručně shrnuje zjištění, na kterých se odborná literatura v podstatě shodne. (pardon za kvalitu překladu, mírně jsem upravil google translate aby se to dalo číst. Zkratku NPI pro intervence jsem ponechal.)

Místy se zvýšeným výskytem rizika infekce jsou např. jsou restaurace, hotely a pracoviště. Podrobná analýza potvrzených případů a jejich kontaktů ukazuje, že i kontakty v domácnosti jsou zodpovědné za významnou část infekcí (zejména během lockdownů).  Dále následují interakce s širší rodinou.

Literatura ukazuje, že děti jsou méně náchylné a jsou méně ohroženy závažnými následky COVID. Naopak, jednotlivci starší 65 let jsou náchylnější a mají vyšší riziko úmrtí.
...

Mnoho článků se zaměřilo na měření účinků NPI. Obecně platí, že úsilí o modelování jednoznačně ukazuje účinnost NPI na zpomalení šíření COVID-19. Načasování implementace intervencí je kritické pro jejich účinek. Země, které jednaly brzy, byly při kontrole šíření COVID nejúspěšnější a zaznamenaly výrazně nižší počet obětí.

Řada článků zdůrazňuje, že nejednotná a geograficky nekonzistentní strategie implementace NPI je spojena s nejhoršími zdravotními výsledky. Mohla by vyvolat i změny v chování, jako je další cestování za zakázanou aktivitou, což by nakonec mohlo urychlit šíření nákazy.


Studium podmínek nezbytných pro dosažení “kolektivní imunity”, aniž by došlo k přetečení systému zdravotní péče, zdůrazňuje, že strategie “promořování” je nereálná a nepraktická. Několik článků zohledňujících také ekonomické metriky ukazuje na skutečnost, že z dlouhodobého hlediska je lepší strategie marginalizace než mitigace. Mnoho studií ukazuje účinnost jedné z jednodušších a méně nákladných NPI: roušky.

Analýzy NPI přijatých v mnoha různých zemích a modely epidemie založené na datech ukazují, že nejúčinnějšími plošnými opatřeními  jsou zákaz veřejného shromažďování, omezování soukromých shromáždění, uzavření škol a univerzit, práce z domova a lockdowny. Je třeba poznamenat, že různorodost dopadů infekce v závislosti na věku, rozdíly v socio-demografické stratifikaci a rozdíly ve struktuře mezigeneračních kontaktů v různých zemích světa vedou k tomu, že neexistuje jedna univerzální strategie NPI, která by byla optimální všude. Opatření by měla být přizpůsobena konkrétnímu kontextu každé populace.

I přes svou účinnost přinášejí NPI vysoké společenské náklady. Několik článků ukazuje

dopad na duševní zdraví, osamělost, domácí násilí, sex, spotřebu potravin a zneužívání návykových látek ostatní. Také způsob fungování zdravotnických zařízení se musel drasticky změnit. Rychlý posun směrem k telemedicína a vzdálené péči umožnil poskytnout pomoc velkému počtu pacientů. Několik průzkumů však zdůrazňuje výzvy, které to vyvolalo. To zahrnuje nedostatečnou podporu postižených, zvětšení sociálně-ekonomické rozdílů a i nárůst odvratitelných úmrtí u několika typů rakoviny v důsledku omezení prevence. Také školství se muselo drasticky přizpůsobit. Studie zkoumají účinnost výuky na dálku a výzvy, které s sebou nese nedostatek sociálních interakcí, klíčový k rozvoji dětí, i nemožnosti splnění některých studijních výsledků spojených s praktickýma dovednostma. …

(více v originále)


P.S.

Odkazy na dva články které myslím  do uvedeného seznamu patří ale jsem jejich spoluatorem jsem záměrně vynechal

Nerad bych, aby vznikl dojem, že tímto textem hájím vlastní práci.

V otázce zda vládní protiepidemická opatření fungují, a zda jejich účinek dokážeme nějak kvantifikovat, hájím prostě mainstream v oboru epidemického modelování, který naprosto převládá v publikované literatuře. (Disentních článků jsou jednotky, a někdy jde o dost zvláštní publikace vydané na neobvyklých místech.) 

Obecné zpochybnění efektů protiepidemických opatření by byl mnohem ambicióznější cíl než třeba útočit na mě osobně, nebo na náš článek v Science.

Názor že o efektu opatření nic nevíme vyžaduje v podstatě popřít konsensus v oboru. Popřít konsensus nějakého oboru samozřejmě lze, pokud jsou k tomu dobré důvody, a je to cesta jak věda postupuje kupředu - ve vztahu k veřejnosti je ovšem nutná otevřenost. Pokud někdo disentní názor prezentuje v populárních médiích nebo s ním jde za politiky, považuju za eticky nezbytné disentní názory uvádět jako disentní - např. stylem “naší skupině se podařilo ukázat, že v podstatě celý svět modeluje epidemie špatně“.

(Drobnost pro dokreslení situace, pokud sledujete diskuse v kuloárech: nikdo z lidí kteří na naše výzkumy efektu opatření teď útočí se nikdy nepokusil prostě a obyčejně napsat a zeptat se na názor, nebo na vysvětlení, proč je nějaký náš model postaven tak jak je postaven, nebo upozornit na domělé chyby autory.

S kýmkoli koho výzkum efektu opatření odborně zajímá a má zájem přitom celkem ochotně diskutuji - v Česku jde zhruba o dvacet lidí. S řadou z nich jsem v nějaké chvíli s něčím nesouhlasil, ale v podstatě vždy to vedlo k diskusi.)